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Valentin Boettcher 2020-01-18 20:53:36 +01:00
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Subproject commit bc42f5fa1d5bdeddbe983f0fd653a5e0843c0f8f
Subproject commit 6f7da8668c507f74760217c2e4c5f944f0d10b0d

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504
PET/auswertung/tom2.ipynb Normal file

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import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.optimize import root_scalar
import matplotlib
import matplotlib.ticker as ticker
import os
import re
from SecondaryValue import SecondaryValue
from scipy.optimize import curve_fit
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
@ -397,3 +399,61 @@ def peaks_to_table(peaks):
out[1::2] = err_peak
res += f'Peak {i} & ' + ' & '.join(out.astype(str)) + ' \\\\\n'
return res
###############################################################################
# Tom2 #
###############################################################################
def parse_sinogramm_from_ps(path):
"""Parse a Sinogramm from the given postscript file."""
mat = []
dim = None
res_regex = \
re.compile(r'gsave \/picstr [0-9]+ string def .*? [0-9]+ scale ([0-9]+) ([0-9]+) [0-9]+ \[.*\]')
with open(path, 'r') as f:
for line in f:
match = res_regex.match(line)
if match:
dim = np.flip(np.array(match.groups()).astype(int))
if line.strip() == "{J} image":
break
for line in f.readlines():
stripped = line.strip()
if stripped == 'grestore':
break
mat += [int(digit, 16) for digit in stripped]
return np.array(mat).reshape(*dim)
def correction_function(x, a, b, omega, phi, o):
return a*np.sin(x/180*np.pi*omega + phi) + b*np.sin(2*x/180*np.pi*omega + phi) + o
def get_lowest_order_fft(line, orders=3):
coeff = fft.rfft(line)
return (coeff[:orders])
def reconstruct_fft(coeff, n, m):
return (1/n*(coeff[0].real + np.sum([(coeff[k]*np.exp(2*np.pi*1j*m*k/n)).real*2 for k in range(1, len(coeff))], axis=0))).real
def get_coeff_table(coeff):
out = r'\(c_i\) & ' + ' & '.join(np.arange(0, len(coeff)).astype(str)) + '\\\\\n &'
return out + (' & '.join(np.round(coeff, 2).astype(str))).replace('j', 'i').replace('(', '').replace(')', '')
def plot_sinogram(ax, sino, title, degrange=(0, 178), transpose=True):
ax.imshow(sino.T if transpose else sino, interpolation='none',
extent=(*degrange, 0, sino.shape[1]))
ax.set_title(title)
if transpose:
ax.set_xlabel(r'Winkel [$\circ$]')
ax.set_ylabel(r'Bin')
else:
ax.set_ylabel(r'Winkel [$\circ$]')
ax.set_xlabel(r'Bin')
return ax

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\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{subcaption}
@ -230,6 +231,7 @@ B. Interessanter weise liegen die beiden h\"ochsten Peaks nicht
aufeinander (Kalibrierungsproblem/Skalierung).
\begin{align}
\label{eq:fenster}
R_A &= [2800, 3600] \hat{=} [582.2, 725.4]\,\si{\kilo\electronvolt}
\\
R_B &= [1600, 2300] \hat{=} [452.0, 606.0]\,\si{\kilo\electronvolt}
@ -478,7 +480,8 @@ von \(40\) Bins (Breite \SI{3.375}{\milli\meter}) zu vermessen. Die
Projektionen, R\"uckprojektionen und gefilterten R\"uckprojektionen
wurden in Echtzeit durch ein Computer graphisch dargestellt. Es kam
dabei der sog. ``Mittelfilter'' mit mit der Dimensionseinstellung
\(9\) zur Anwendung. Der Aufnahme und Rekonstruktionsprozess ist
\(9\) zur Anwendung, es wurde also der Filter jeweils \"uber \(9\)
Bins gefaltet. Der Aufnahme und Rekonstruktionsprozess ist
in~\ref{fig:tom1} dargestellt und wird im Folgenden nachvollzogen.
\begin{figure}[htp]
@ -524,8 +527,14 @@ in~\ref{fig:tom1} dargestellt und wird im Folgenden nachvollzogen.
\caption{\(178^\circ\).}
\label{eq:tom1-178}
\end{subfigure}
\begin{subfigure}{\textwidth}
\centering
\includegraphics[width=.3\textwidth, angle=90]{../messungen/oliTOM1/sino.png}
\caption{Endg\"ultiges Sinogramm}
\label{fig:tom1-sino}
\end{subfigure}
\caption{Verlauf der Bildentstehung mit Gegenüberstellung von
ungefilterter (links) und gefilterter (rechts) Projektion.}
ungefilterter (links) und gefilterter Projektion (rechts).}
\label{fig:tom1}
\end{figure}
@ -586,13 +595,32 @@ in~\ref{fig:tom1} dargestellt und wird im Folgenden nachvollzogen.
aufgel\"ost wurde.
\end{description}
\begin{wrapfigure}{r}{.5\textwidth}
\centering
\resizebox{0.2\textwidth}{!}{
\begin{tikzpicture}
\draw[black] (3,3) circle (2.7cm);
\draw[black] (3,4.5) circle (.6cm) node {2};
\draw[black] (3,1.5) circle (.6cm) node {Leer};
\draw[black] (1.5,3) circle (.6cm) node {1};
\draw[black] (4.5,3) circle (.6cm) node {3};
\draw (3,3) circle (.6cm) node {Leer};
\node[draw] at (1.5,2) {Wachs};
\end{tikzpicture}
}
\caption[Quellenkonstelation]{Quellenkonstelation}
\label{fig:sourccof}
\end{wrapfigure}
Die endg\"ultige rekonstuktion ist als 3D Surface Plot
in~\ref{fig:tom1-3dplot} dargestellt. Zu erkennen ist die wesentlich
bessere Klarheit der Peaks in der gefilterten Rekonstruktion. Trotz
der Geringen statistik (ca. 5 Ereignisse pro Projektion, Detektor zu
schnell verfaheren!) kann man in der Rekonstruierten Quellverteilung
klare Peaks erkennen, die die Bestimmung der Quellpositionen m\"oglich
machen.
machen. Die Anordnung und Nummerierungskonvention f\"ur die Quellen
ist in~\ref{fig:sourccof} einzusehen.
\begin{figure}[h]\centering
\input{../auswertung/figs/tom1/3dplot.pgf}
@ -695,38 +723,158 @@ Aktivit\"aten der beiden anderen Proben wiefolgt.
\subsubsection{Anisotrope Dichteverteilung}
\label{sec:tom2}
Nun wurde wieder eine Dichteverteilung innerhalb des Phantoms gegeben. Nur das diesmal nur in der
Mitte des Phantoms eine Quelle lag und darum auf unbekannte Art und Weise Bleimünzen, der selben
Form und Größe wie die der Quelle verteilt waren. Deren Anordnung gilt es mit Hilfe der
aufgenommenen Messdaten, insbesondere der Form des Sinogramms, herauszufinden.
\begin{figure}[h]
\centering
\includegraphics[width=.3\textwidth, angle=90]{../messungen/Tom2/tom2_Sinogramm.PNG}
\caption{Aufgenommenes Sinogramm bei Vermessung einer anisotropen Quelldichteverteilung.}
\label{fig:tom2}
\begin{figure}[hb]
\centering \includegraphics[width=.3\textwidth,
angle=90]{../messungen/Tom2/tom2_Sinogramm.PNG}
\caption{Aufgenommenes Sinogramm bei Vermessung einer anisotropen
Quelldichteverteilung.}
\label{fig:tom2}
\end{figure}
\subsection{Einfluss verschiedener Filter}
Analog zu~\ref{sec:tom1} wurde nun eine, von einer unbekannten
konfiguration von Bleim\"unzen umgebene, zentrierte Quelle
vermessen. Die gesammte Anordnung war wieredum in Wax eingebettet.
Auf~\ref{fig:tom2-3dplot} erkennt man deutlich die Quelle als
zentralen Peak, sowie vier mehr oder weniger tiefe \"aler an den
R\"andern, die durch die blockierenden M\"unzen hervorgerufen werden.
Anhand des einbruchs der Z\"ahlzahl im Sinogramm k\"onnen (infolge der
Absorbtion und Steuung der Gammaphotonen durch das Blei) verschiedene
M\"unzenkonfigurationen in klassen einegteilt und unterschieden
werden\footnote{Details aus Platzgr\"unden ausgelassen.}. Im hier
vorliegenden Sinogramm~\ref{fig:tom2} ergkennt man in zwei
Winkelbereichen eine unterschiedlich starke Abschw\"achung. Der erste,
hellere Bereich wurde also warscheinlich von nur einer M\"unze
blockiert, der zweite, dunklere demnach von zwei M\"unzen
(siehe~\ref{fig:munzen}). Diese breiten verdunklungen sind im
isotropen Fall (~\ref{fig:tom1-sino}) nicht zu erkennen. Da bei diesem
Versuch die Quelle genau mittig zwischen den Detektoren lag, ist
in~\ref{fig:tom2} nur eine gerade Linie zu erkennen.
\begin{figure}[h]
\centering
\begin{subfigure}{.4\textwidth}
\centering
\resizebox{0.8\textwidth}{!}{
\input{../auswertung/figs/tom2/3dplot.pgf}
}
\caption{Surface Plot der (gefilterten) Rekonstruktion der Messung zur Anistropen Dichteverteilung}
\label{fig:tom2-3dplot}
\end{subfigure}
\begin{subfigure}{.4\textwidth}
\centering
\resizebox{0.4\textwidth}{!}{
\begin{tikzpicture}
\draw[black] (3,3) circle (2.7cm);
\filldraw[black] (3,4.5) circle (.6cm);
\draw[black] (3,1.5) circle (.6cm);
\filldraw[black] (1.5,3) circle (.6cm);
\filldraw[black] (4.5,3) circle (.6cm);
\draw (3,3) circle (.6cm) node {\ce{^22Na}};
\node[draw] at (1.5,2) {Wachs};
\end{tikzpicture}
}
\caption[M\"unzkonfiguration]{Deduzierte
M\"unzenkonfiguration. Gef\"ullte Kreise stellen M\"unzen
dar. Vertikale M\"unzen k\"onnten auch vertauscht sein.}
\label{fig:munzen}
\end{subfigure}
\end{figure}
Das Sinogramm aus~\ref{fig:tom2} enth\"alt redundante spalten, welche
im Folgenden entfernt wurden (\ref{fig:tom2-raw_and_corrected}
oben). Summiert man jeweils die Projektion f\"ur einen Winkel auf,
erh\"alt man einen Indikator f\"ur die Gesamtereignisszahl bei diesem
Winkel. Es wird sodann eine Schnelle Fouriertransformation (DFFT) auf
diese Kurve angewendet, wobei nur die ersten Koeffizienten behalten
werden. Transformiert man diese zur\"uck, so gelangt man zu einer
relativ simplen und glatten Anpassung \(\mathfrak{C}^{-1}\) an diese
Kurve die jeh nach anforderungen durch erh\"ohung der
Koeffizientenzahl verbessern l\"asst. Das (eventuell normierte)
Reziproke von \(\mathfrak{C}^{-1}\) so erh\"alt man eine
Korrecturfaktorfunktin \(\mathfrak{C}\). Diese ist
in~\eqref{eq:correction} aufgef\"uhrt, wobei \(n=90\) die Anzahl der
gemessenen Winkel bezeichet, \(K=5\) die Anzahl der mitgenommenen
Fourierparameter ist und th\"eta der Winkel ist f\"ur den die
Korrektur gesucht wird. Die fourierkoeffizienten \(c_i\) sind
in~\ref{tab:coeff} aufgelistet.
\begin{table}[h]
\centering
\begin{tabular}{l|lllll}
\toprule
\(c_i\) & 0 & 1 & 2 & 3 & 4 \\
\midrule
& 10321 & 647.68-220.76i & -2723.6+1336.38i & 23.13-309.09i & 306.73-450.29i
\end{tabular}
\caption{Fourierkoeffizienten des Sinograms in~\ref{fig:tom2-raw_and_corrected}.}
\label{tab:coeff}
\end{table}
\begin{equation}
\label{eq:correction}
\mathfrak{C} = \qty[\frac{1}{n}
\qty(c_0 + 2\sum_{k=1}^{K-1}{\Re\qty{c_k\exp(2\pi i \frac{\theta k}{180 n})}})]^{-1}
\end{equation}
\begin{figure}[h]
\centering
\includegraphics[width=\textwidth]{../auswertung/figs/tom2/raw_and_corrected.pdf}
\caption[Sinogramme und Korrekturfunktion]{Links: Zussamengefasstes
Originalsinogramm und korrigiertes Sinogram. Rechts: Z\"ahlzahl
(centerline, in Willk\"urlicher Skalierung), Anpassung mit wenigen
Fourierkoeffizienten, der darausberechnete Korrekturfaktor und die
Korrigierte Z\"ahlzahl. Alle Kurven sind skaliert.}
\label{fig:tom2-raw_and_corrected}
\end{figure}
\ref{fig:tom2-raw_and_corrected} zeigt deutlich, dass nun die
``Belichtungsst\"arke'' wesentlich ebenm\"a\ss{}iger ist. Die
gefundene Korrektur ist noch verbesserungsbed\"urftig, da kleine
Ereignisszahlen (mit ihren gr\"o\ss{}en relativen Fehlern)
\"uberm\"a\ss{}ig verst\"arkt werden (peak
in~\ref{fig:tom2-raw_and_corrected} rechts). Auch wird der abrubten
natur des Z\"ahlzahleinbruchs nicht wirklich Rechnung
getragen. Allerdings kann diese methode gut automatisiert und
generalisiert (Koeffizientenzahl) werden.\footnote{Ich habe da zuviel
Zeit reingesteckt, aber es hat Spa\ss{} gemacht.}
\subsubsection{Einfluss verschiedener Filter}
\label{sec:filter}
Zuletzt wurde noch der Einfluss verschiedener Filter auf die gefilterte Rückprojektion
untersucht. Dazu wurden die Messdaten aus~\ref{sec:tom1} verwendet.
Zuletzt wird noch der Einfluss verschiedener Filter auf die gefilterte Rückprojektion
untersucht. Dazu wurden die Messdaten aus~\ref{sec:tom1} verwendet. Es
wurde vers\"aumt, die r\"ckprojektion ohne die Energie und Zeitfenster
durchzuf\"uhren.
\begin{figure}[h]
\centering
\subfloat[Hanning-Filter.]{\includegraphics[width=.4\textwidth]{../messungen/olifilter/hanningweight9_gefiltert.png}}
\subfloat[Ramp-Filter.]{\includegraphics[width=.4\textwidth]{../messungen/olifilter/ramp9_gefiltert.png}}\\
\subfloat[Shepp-Filter.]{\includegraphics[width=.4\textwidth]{../messungen/olifilter/shepp9_gefiltert.png}}
\subfloat[Rauschfilter.]{\includegraphics[width=.4\textwidth]{../messungen/olifilter/rauschfilter_gefiltert.png}}
\caption{Gegenüberstellung verschiedener Filter mit einer Dimension von je \(9\).}
\label{fig:filter}
\centering
\subfloat[Hanning-Filter.]{\includegraphics[width=.2\textwidth]{../messungen/olifilter/hanningweight9_gefiltert.png}}
\subfloat[Rauschfilter.]{\includegraphics[width=.2\textwidth]{../messungen/olifilter/rauschfilter_gefiltert.png}}
\subfloat[Ramp-Filter.]{\includegraphics[width=.2\textwidth]{../messungen/olifilter/ramp9_gefiltert.png}}
\subfloat[Shepp-Logan-Filter.]{\includegraphics[width=.2\textwidth]{../messungen/olifilter/shepp9_gefiltert.png}}
\caption{Gegenüberstellung verschiedener Filter mit einer Dimension
von je \(9\).}
\label{fig:filter}
\end{figure}
Wie man in~\ref{fig:filter} erkennen kann, sehen sich die gefilterten Rückprojektionen mit dem
Hannig-Filter und dem Rauschfilter sowie jene mit Ramp-Filter und Shepp-Filter recht ähnlich.
Auf den Bildern (a) und (d) kann man die Quellverteilung obwohl sie im Vergleich zu (b) und (c)
unschärfer wirken besser erkennen, da störende Signale herausgefiltert werden.\\
Wie man in~\ref{fig:filter} erkennen kann, sehen sich die gefilterten
Rückprojektionen mit dem Hannig-Filter und dem Rauschfilter sowie jene
mit Ramp-Filter und Shepp-Filter recht ähnlich. Die filter in (a) und
(b), sowie auch der Mittelfilter aus~\ref{eq:tom1-178} scheinen
feinere artefaktstrukturen zu gr\"o\ss{}eren, langsamer
ver\"anderlichen zussenzufassen, wobei sie dabei auch den Kontrast von
sehr starken Signalen (Qeullen) zu ihrer Umgebung steigern und diese
klarer abgrenzt. Die gelingt in (b) besser als in (a) oder auch im
Mittelfilter, wobei abei bei (a) und (b) die Rechte, obere Quelle
verschmiert und sie in~\ref{eq:tom1-178} klar aufgel\"ost wird. In (b)
und (c) erscheinen die Quellen als relativ helle, kleine Punkte mit
mehr oder weniger unf\"ormigen Halos. Die rechte obere Quelle ist
recht unkenntlich und die Artefakte sind im vergleich zur
ungefilterten r\"uckprojektion in~\ref{eq:tom1-178} breiter bei nur
geringf\"ugig
veringertem Kontrast. \\
%\begin{figure}[h]
% \centering
@ -754,7 +902,8 @@ unschärfer wirken besser erkennen, da störende Signale herausgefiltert werden.
%\label{fig:filter}
%\end{figure}
Der Rauschfilter wurde außerdem mit Dimensionseinstellungen getestet.
Der Rauschfilter wurde außerdem aufgrund der guten Qualit\"at der
entstehenden R\"uckprojektion mit mehreren Dimensionseinstellungen getestet.
\begin{figure}[h!]
\centering
@ -765,10 +914,17 @@ Der Rauschfilter wurde außerdem mit Dimensionseinstellungen getestet.
\label{fig:rausch}
\end{figure}
In~\ref{fig:rausch} erscheint (a) am unschärfsten und undeutlichsten, wenngleich man auch die
Intensität der einzelnen Quellen qualitativ abschätzen kann. In (b) und (c) hingegen ist die
Lage der Quellen besser auszumachen, da diese schärfer im Vergleich zu (a) sind. Es ist allerdings
kein wirklicher Unterschied zwischen (b) und (c) zu erkennen.
In~\ref{fig:rausch} erscheint (a) am unschärfsten und undeutlichsten,
wenngleich man auch die Intensität der einzelnen Quellen qualitativ
abschätzen kann. Da der Filter bei Dimension \(=5\) sehr lokalisiert
ist, k\"onnen gr\"o\ss{}ere Strukturen nicht besser kontrastiert
werden. In (b) und (c) hingegen ist die Lage der Quellen besser
auszumachen, da diese schärfer im Vergleich zu (a) sind. Es ist
allerdings kein wirklicher Unterschied zwischen (b) und (c) zu
erkennen. Sobald die Dimension die gr\"o\ss{}e der Relevanten
strukturen \"uberschreitet, scheint die Sch\"arfe nicht mehr
zuzunehmen. Es w\"are sinnvoll noch weitere Dimensionen auszuprobieren
um diesen Trend zu best\"atigen.
% \begin{figure}[h!]
% \centering